El Departamento de Protección Vegetal, está orientado a buscar estrategias de control de insectos plagas y enfermedades, que se presentan a diario en los cultivos de importancia económica en la zona de influencia en la cual estamos ubicados. Actualmente colabora, con los diferentes programas de la Estación Experimental Santo Domingo, desarrollando estrategias fitosanitarias, que causen el menor impacto ambiental y económico, para que puedan ser implementadas de forma sencilla por nuestros agricultores. También se trabaja en el uso de la biotecnología aplicada al mejoramiento genético del cultivo de Palma aceitera, a través de los cuales se espera, a mediano y largo plazo obtener materiales con características agronómicas mejoradas en cuanto a rendimientos de aceite, producción de fruta fresca y la tolerancia tanto a factores bióticos y abióticos