Este Departamento tiene como objetivo producir y transferir conocimientos, información y tecnología para resolver problemas fitosanitarios a través de estrategias y prácticas de manejo Integrado, de acuerdo con las necesidades de los productores.

Este departamento realiza el análisis, identificación y recomendaciones para el control de problemas fitopatológicos (enfermedades causadas por hongos, bacterias y virus), nematológicos (enfermedades causados por gusanos macro y microscópicos), entomológicos (enfermedades y daños causados por insectos) y por malezas (plantas no deseables en el cultivo).