El Departamento de Protección Vegetal brinda un servicio de asistencia al productor, generando conocimientos científicos y tecnológicos para resolver los problemas de plagas y enfermedades en los principales cultivos de importancia económica del litoral, con un enfoque de Manejo Integrado, de acuerdo con las necesidades de los productores. Este departamento realiza el análisis, identificación y recomendaciones para el control de problemas fitopatológicos (enfermedades causadas por hongos, bacterias y virus), y entomológicos (daños causados por artrópodos) en rubros como maíz, cacao, cítricos, maracuyá, café, piñón, palma aceitera, entre otros cultivos de importancia económica del litoral ecuatoriano.