La creación de la Estación Experimental de Santo Domingo está muy íntimamente ligada al desarrollo del cultivo de palma africana en Ecuador. Por lo que para el año 1961 el Gobierno de Ecuador consigue una línea de crédito del Banco Interamericano de Desarrollo destinado a la creación de la Estación. Por lo que en el año 1963 se crea el Programa de Palma Africana donde se trabaja en investigaciones para la obtención de materiales que permitieron el desarrollo de INIAP Tenera que es acogido por sus productores al generar producciones de sobre los 25tm/ha/año y poseer resistencia a los principales enfermedades.

Hasta la actualidad también se realizan investigaciones en el cultivo de caucho, maracuyá, cacao fino de aroma, oferta de plantas y semillas de palma africana, plantas de cacao.