El Departamento de Suelos y Aguas tiene como objetivo contribuir al incremento sostenido de la producción, productividad y al mejoramiento cualitativo de los productos agropecuarios, mediante la generación y transferencia de tecnologías apropiadas para el usos sustentable del recurso suelo y del agua, que prevenga su degradación orientada a la conservación de los recursos naturales y disminución del deterioro ambiental.

Este departamento realiza el análisis de macro y micronutrientes del suelo, agua y tejido vegetal, acidez libre, PH, materia orgánica, textura, Capacidad de Intercambio Catiónico (CIC), salinidad, Conductividad Eléctrica (CE), densidad aparente, % Humedad, materia seca, Cationes, Aniones.